Dalam jangka pendek tujuan pendirian program pendidikan daerah di luar domisili (PDD) Universitas Pattimura di Kabupaten Kepulauan Aru dan Kabupaten Maluku Barat Daya adalah untuk membuka akses pendidikan tinggi bermutu bagi anak bangsa Indonesia yang bermukim di kabupaten tersebut.

Dalam jangka panjang, pendirian program PDD ini adalah meningkatkan kualitas sumber daya manusia di yang akan mampu berperan aktif dalam membangun dan mendukung upaya percepatan pembangunan Kabupaten Kepulauan Aru dan Kabupaten Maluku Barat Daya.